עקב האטה זמנית בפעילות האגודה ומעבר מרכז הכובד של הפעילות לגבעתיים, השתלטה האוניברסיטה העברית בשנת 1986 על מבנה הפלנטריום שנמצא כבר באותה שעה בתוך שטח האוניברסיטה המתרחבת. ההשתלטות כללה גם את הטלסקופ של אלברט אינשטיין שהועבר לאגודה ב-1962 מבית הספר "בן שמן". האוניברסיטה הפכה את רוב מבנה הפלנטריום לשטח משרדים, דבר שהביא את האגודה הישראלית לאסטרונומיה ואת משפחת התורם, מר ויליאמס, להגיש שתי תביעות משפטיות נגד האוניברסיטה העברית (8514/90, 1574/98) להחזרת הפלנטריום לניהול האגודה ולפעילות אסטרונומית. למרבה הצער, נפסק כי למרות ההשתלטות הכוחנית של האוניברסיטה יישאר המצפה כרכושה. כיום לאגודה אין משאבים להמשך המערכה והמצפה בגבעת רם אינו משמש למטרה שלשמה נתרם.

 

בשנת 1967, לאחר מלחמת ששת הימים, חנכה האגודה מצפה כוכבים בגוש דן. גבעתיים נבחרה כמקום מועדף בגלל גובהו של המקום שהוקצה למצפה מעל פני הים ומרחקו מלחות הים. המצפה הוקם בכספי העירייה, האגודה ותרומות מחו"ל, שגייס מנהל המצפה דאז, אינג' יוסף פוקס.

 

יושבי הראש של האגודה שימשו לפעמים גם כמנהלי המצפה, ביניהם: חיים לוי, ד"ר נוח ברוש, אילן מנוליס ויגאל פת-אל, אשר שימש כיושב ראש האגודה וכמנהל המצפה קרוב ל-20 שנה.

 

פעילות האגודה התמקדה ומתמקדת בהפצת האסטרונומיה בקרב הציבור הרחב בישראל. מטרה זו מושגת באמצעות ארגון כינוסים, קורסים, הרצאות ותצפיות לקהל הרחב. בימיה הראשונים הפיקה האגודה את מגזין "כל כוכבי אור" שמאוחר יותר שונה שמו ל-"אסטרונומיה". מגזין זה היה היחיד מסוגו בעברית ובעידן בו האינטרנט היה בתחילת דרכו, היה מגזין זה הדרך הבלעדית של חובבי אסטרונומיה להתעדכן בחדשות ובעדכונים בתחום האסטרונומיה והמדעים הקרובים. הוצאת החוברת הופסקה בשנות האלפיים המוקדמות וכיום האינטרנט משמש את התחליף הטוב ביותר לכל חובב אסטרונומיה מתחיל ומנוסה אחד.